Los ancestros más antiguos del boxer son dos perros alemanes de tipo moloso: el bullenbeisser y el barenbeisser. Sin embargo, el principal aporte a la raza provino de los bullenbeisser más pequeños conocidos como brabant bullenbeisser.

Estos ancestros del boxer eran perros de caza mayor, que ayudaban a los cazadores persiguiendo y sujetando a la presa. Por tanto, debían ser perros resistentes, fuertes y con un gran impulso de presa.

Algún tiempo después, los ancestros del boxer fueron cruzados con el bulldog inglés y empezaron a usarse para controlar al ganado vacuno, convirtiéndose así en perros boyeros. Debido a que eran perros fáciles de entrenar, también fueron usados en circos y espectáculos para la distracción humana.

Tres alemanes, Roberth, Konig y Hopner, decidieron estabilizar el estander de la raza en 1894. Al año siguiente la exhibieron en la exposición canina de Munich. En 1896 fundaron el primer Boxer Club.

En 1904 se conformó el primer libro de registro del perro boxer, definiendo el estándar de la raza en función a las características que debía cumplir el boxer como perro de trabajo y utilidad.

El origen del nombre no queda claro, pero se han sugerido varias hipótesis para aclarar de dónde viene el nombre boxer para esta raza.

Algunos autores han sugerido que el nombre del boxer proviene de los aparentes golpes que este perro daría con las patas a la hora de pelear, como un boxeador. Sin embargo, esto es poco probable ya que el fuerte nacionalismo alemán hubiera impedido dar un nombre inglés a una raza 100% alemana.

Otra hipótesis sugiere que la palabra boxer es una degeneración de "boxl" que era como se conocía coloquialmente a los brabant bullenbeisser. Quizás esta hipótesis sea más cercana a la verdad.